A Plebeia emerina (conhecida popularmente como mirim-emerina) costuma estabelecer seus ninhos principalmente em ocos de troncos de árvores, embora também tenha capacidade de adaptar-se e nidificar em cavidades artificiais, como frestas de muros e paredes. A entrada de seu ninho é caracterizada por um tubo cilíndrico feito de cerume escuro (Nogueira-Neto, 1997), a qual, em alguns casos, pode estar ausente.

Trata-se de uma abelha de porte pequeno, com corpo medindo aproximadamente 4 mm de comprimento, e cabeça e tórax de coloração preta (Friese, 1900). Suas asas são escuras, cobertas por minúsculas cerdas também escuras, enquanto as pernas anteriores destacam-se pela coloração caramelo. Na face, a Plebeia emerina apresenta uma faixa amarela larga na lateral interna dos olhos compostos, que se alarga ligeiramente em sua parte inferior, traço morfológico que a diferencia da Plebeia droryana (mirim-droryana), que não possui esse alargamento. Quanto ao comportamento, são abelhas notadamente tímidas e mansas.